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<title>ChIP-on-Chip</title>
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<h1 id="firstHeading" class="firstHeading mw-first-heading"><span class="mw-page-title-main">ChIP-on-Chip</span></h1>
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<div id="mw-content-text" class="mw-body-content mw-content-ltr" lang="de" dir="ltr"><div class="mw-content-ltr mw-parser-output" lang="de" dir="ltr"><p>Ein <b>ChIP-on-Chip</b> oder <i>ChIP-Chip</i> (von engl. <i><span lang="en">Chromatin-Immunoprecipitation Chip</span></i>) ist eine <a href="Biochemie" title="Biochemie">biochemische</a> Methode zur Bestimmung von <a href="Protein-DNA-Interaktion" title="Protein-DNA-Interaktion">Protein-DNA-Interaktionen</a>. Der ChIP-on-Chip ist eine Kombination aus einer <a href="Chromatin-Immunpr%C3%A4zipitation" title="Chromatin-Immunpräzipitation">Chromatin-Immunpräzipitation</a> und der <a href="Hybridisierung_(Molekularbiologie)" title="Hybridisierung (Molekularbiologie)">Hybridisierung</a> mit einem DNA-<a href="Microarray" title="Microarray">Microarray</a> (synonym <i>DNA-Chip</i>).<sup id="cite_ref-1" class="reference"><a href="#cite_note-1"><span class="cite-bracket">[</span>1<span class="cite-bracket">]</span></a></sup> DNA-Protein-Interaktionen kommen bei Bindungssequenzen für <a href="Transkriptionsfaktor" title="Transkriptionsfaktor">Transkriptionsfaktoren</a>, <a href="Promotor_(Genetik)" title="Promotor (Genetik)">Promotoren</a>, <a href="Enhancer_(Genetik)" title="Enhancer (Genetik)">Enhancer</a>, <a href="Repressor" title="Repressor">Repressoren</a>, <a href="Silencer" title="Silencer">Silencer</a>, <a href="Isolator_(Genetik)" title="Isolator (Genetik)">Isolatoren</a> sowie bei Bindungssequenzen für die <a href="DNA-Replikation" class="mw-redirect" title="DNA-Replikation">DNA-Replikation</a> vor.<sup id="cite_ref-2" class="reference"><a href="#cite_note-2"><span class="cite-bracket">[</span>2<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Eigenschaften">Eigenschaften</h2></div>
<p>Das gereinigte <a href="Rekombinantes_Protein" title="Rekombinantes Protein">rekombinante Protein</a> wird entweder mit der <a href="DNA-Reinigung" title="DNA-Reinigung">gereinigten</a> DNA vermischt (<i><a href="In_vitro" title="In vitro">in vitro</a></i>) oder das rekombinante Protein wird <i><a href="In_vivo" title="In vivo">in vivo</a></i> in einem <a href="Gentechnisch_ver%C3%A4nderter_Organismus" title="Gentechnisch veränderter Organismus">GVO</a> erzeugt und nach Bindung an die zelluläre DNA per <a href="Zellaufschluss" title="Zellaufschluss">Zellaufschluss</a> freigesetzt. Daraufhin werden das Protein und die bindende DNA mit <a href="Formaldehyd" title="Formaldehyd">Formaldehyd</a> reversibel <a href="Vernetzung_(Chemie)" title="Vernetzung (Chemie)">quervernetzt</a>. Durch Beschallung mit <a href="Ultraschall" title="Ultraschall">Ultraschall</a> oder durch einen Verdau mit einer <a href="DNase" class="mw-redirect" title="DNase">DNase</a> aus <i><a href="Micrococcus" title="Micrococcus">Micrococcus</a> sp.</i> wird die DNA fragmentiert. Anschließend erfolgt eine <a href="Immunpr%C3%A4zipitation" title="Immunpräzipitation">Immunpräzipitation</a> der vernetzten Protein-DNA-Komplexe mit einem <a href="Antik%C3%B6rper" title="Antikörper">Antikörper</a> gegen das rekombinante Protein oder sein <a href="Protein-Tag" title="Protein-Tag">Protein-Tag</a>. Durch Erhitzen wird die DNA aus den Komplexen freigesetzt und mit dem Microarray hybridisiert und gefärbt. Abschließend werden die Sequenzen der hybridisierten DNA anhand ihrer Position auf dem Microarray bestimmt.
</p><p>Ein Problem der Methode ist bei der Immunpräzipitation eine mangelnde Reinheit des DNA-bindenden Proteins, die zu <a href="Falsch_positiv" class="mw-redirect" title="Falsch positiv">falsch positiven</a> Ergebnissen führen kann. Ebenso ist eine hohe <a href="Spezifit%C3%A4t" class="mw-redirect" title="Spezifität">Spezifität</a> des Antikörpers notwendig, da <a href="Heterophile_Antik%C3%B6rper" class="mw-redirect" title="Heterophile Antikörper">heterophile Antikörper</a> ebenfalls zu falsch positiven Ergebnissen führen können. Beim Microarray kann eine mangelnde Effizienz der Hybridisierung zu <a href="Falsch_negativ" class="mw-redirect" title="Falsch negativ">falsch negativen</a> Ergebnissen führen.<sup id="cite_ref-3" class="reference"><a href="#cite_note-3"><span class="cite-bracket">[</span>3<span class="cite-bracket">]</span></a></sup><sup id="cite_ref-4" class="reference"><a href="#cite_note-4"><span class="cite-bracket">[</span>4<span class="cite-bracket">]</span></a></sup>
</p><p>Eine Alternativmethode ist die <a href="ChIP-Seq" title="ChIP-Seq">ChIP-Seq</a>, welche die Chromatin-Immunpräzipitation mit der <a href="DNA-Sequenzierung" title="DNA-Sequenzierung">DNA-Sequenzierung</a> im <a href="Hochdurchsatz" class="mw-redirect" title="Hochdurchsatz">Hochdurchsatz</a> verbindet. Durch eine parallele Verwendung beider Methoden können systematische Fehler der Methoden teilweise gemindert werden.
</p>
<div class="mw-heading mw-heading2"><h2 id="Einzelnachweise">Einzelnachweise</h2></div>
<ol class="references">
<li id="cite_note-1"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-1">↑</a></span> <span class="reference-text">Y. Blat, <a href="Nancy_Kleckner" title="Nancy Kleckner">N. Kleckner</a>: <i>Cohesins bind to preferential sites along yeast chromosome III, with differential regulation along arms versus the centric region.</i> In: <i>Cell</i> (1999), Band 98, Ausgabe 2, S. 249–259. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10428036?dopt=Abstract">PMID 10428036</a>.</span>
</li>
<li id="cite_note-2"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-2">↑</a></span> <span class="reference-text">M. J. Buck, J. D. Lieb: <i>ChIP-chip: considerations for the design, analysis, and application of genome-wide chromatin immunoprecipitation experiments.</i> In: <i>Genomics</i> (2004), Band 83, Ausgabe 3, S. 349–360. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14986705?dopt=Abstract">PMID 14986705</a>.</span>
</li>
<li id="cite_note-3"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-3">↑</a></span> <span class="reference-text">R. Gottardo: <i>Modeling and analysis of ChIP-chip experiments.</i> In: <i>Methods Mol Biol.</i> (2009), Band 567, S. 133–143. <a href="Digital_Object_Identifier" title="Digital Object Identifier">doi</a>:<span class="uri-handle" style="white-space:nowrap"><a rel="nofollow" class="external text" href="https://doi.org/10.1007/978-1-60327-414-2_9">10.1007/978-1-60327-414-2_9</a></span>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19588090?dopt=Abstract">PMID 19588090</a>.</span>
</li>
<li id="cite_note-4"><span class="mw-cite-backlink"><a href="#cite_ref-4">↑</a></span> <span class="reference-text">C. S. Pareek, R. Smoczynski, A. Tretyn: <i>Sequencing technologies and genome sequencing.</i> In: <i>J Appl Genet.</i> (2011), Band 52, Ausgabe 4, S. 413–435. <a href="https://doi.org/10.1007/s13353-011-0057-x" class="extiw external" title="doi:10.1007/s13353-011-0057-x">doi:10.1007/s13353-011-0057-x</a>. <a class="external mw-magiclink-pmid" rel="nofollow" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21698376?dopt=Abstract">PMID 21698376</a>; <a rel="nofollow" class="external text" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3189340/">PMC 3189340</a> (freier Volltext).</span>
</li>
</ol></div><!--htdig_noindex--><div><div class="zim-footer">
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